Wie jede Hauspferdeart, ist auch das Nonius-Pferd ein Abkömmling des eurasischen Wildpferdes (Eguus Przewalski).

Zur Zeit der napoleonischen Kriege erhielt die österreichische Armee 1815 aus dem Gestüt von Rosieres das Hengstfohlen namens Nonius als Kriegsbeute, das später in Ungarn der Gründer der Rasse wurde. Es kam ins Gestüt in Mezohegyes, wo 79 Hengst- und 122 Stutenfohlen nach ihm geboren wurden. Besonders die Nachfahren der Lipizzaner und Kladruber Stuten wurden homogen, sodass diese sich in Mezohegyes zu einer eigenen Rasse entwickelten.

In erster Linie züchtete man das Nonius-Pferd für militärische Zwecke, als Artillerie-Pferd. Es hat einen kräftigen Körperbau, ist sehr leistungsfähig und hat im Verhältnis zu seiner Größe ein lebhaftes Temperament. In Vierer- und Sechser-Gespannen zogen die Pferde die Kanone, sodass drei Artilleristen in den Satteln saßen.

Später verbreitete sich diese Rasse auf der Großen Tiefebene und wurde als ausgezeichnetes Zugpferd eingesetzt. Man unterscheidet zwischen zwei Typen: einem “kleinen” und einem “großen” Nonius. Der “große Nonius” ist in Mezohegyes beheimatet, er wird auch “Gestütsbesitz Nonius” (ménesbirtok nóniusz) genannt und kommt meist in schwarzer Farbe vor. Ein bekanntes Zuchtgebiet der Rasse war die Pussta Hortobágy im Besitz der Stadt Debrecen, wo der sog. “kleine Steppen-Nonius” (kis sziki nóniusz) bevorzugt wurde. Die Landwirte von Debrecen hatten die fleckenlosen, rotbraunen oder kirschbraunen Pferde sehr gerne.

In unserer Zeit verlor der Nonius an wirtschaftlicher Bedeutung erheblich, so gibt es im Land kaum mehr als 500, im Stammbuch registrierte Nonius-Stuten.
Das größte Gestüt befindet sich heute in Hortobágy, wo 60 Stammstuten für die Aufrechterhaltung der Rasse sorgen.